Selon l'association britannique Retrieve, le gouvernement portugais aurait autorisé de très nombreux vols secrets de la CIA et participé au transfert de plus de 700 prisonniers illégaux vers le centre de torture de Guantanamo.

L'association publie une liste de 48 vols, entre 2002 et 2006, utilisant l'espace aérien portugais, ainsi que la liste des détenus par vol (tout au moins pour une trentaine de vols) et 8 témoignages d'anciens détenus (voir ci-dessous document joint).

La précision de ces informations permettra aux enquêteurs du Parlement européen et du Conseil de l'Europe de procéder à des vérifications. L'ampleur du trafic ainsi décrit est sans commune mesure avec ce que les mêmes enquêteurs avaient été en mesure d'établir jusqu'ici.

Ces pratiques contreviennent à la loi pénale portugaise et à la Convention européenne des Droits de l'homme. Le Portugal étant signataire du Traité de Rome de 1998, les responsables politiques impliqués sont susceptibles d'être jugés par la Cour pénale internationale.

Les autorités portugaises ont démenti avec véhémence les imputations de Retrieve. Trois Premiers ministres successifs sont mis en cause : José Manuel Durão Barroso, Pedro Santana Lopes et José Sócrates.

M. Barroso, qui avait donné le feu vert à l'invasion de l'Irak en organisant le sommet des Açores, est actuellement président de la Commission européenne.