L'implication de facteurs politiques et économiques liés à des laboratoires pharmaceutiques transnationales semble aujourd'hui à Tegucigalpa  une hypothèse pour expliquer la tentative de coup d'état menée par l'extrême droite au Honduras.

La décision de ces mafias pharmaceutiques d'appuyer le mouvement de déstabilisation contre le président Zelaya aurait vu le jour quelques mois après l'adhésion à l'Alliance Bolivarienne pour les Peuples d'Amérique. Au Honduras, plus de 80% des médicaments sont fournis par les entreprises multinationales, dont les matières premières pour la production sont importées à 100%, principalement des États-Unis et d'Europe.

Les pays d'origine de ces médicaments sont le Panama, le Costa Rica, le Guatemala et les États-Unis. Les laboratoires des transnationales tels que Glaxo, Sanofi et Smiyh Kline se trouvent au Panama, tandis que Pfizer et Stein sont situés au Costa Rica, Novartis, Aventis et Bristol Myers au Guatemala.

La conclusion d'un accord commercial établi par les gouvernements de Cuba et du Honduras concerne les échanges commerciaux dont l'importation de médicaments génériques de l'île des Caraïbes afin de compenser le prix élevé des médicaments que l'État hondurien doit acheter pour fournir ses hôpitaux publics.
 
Au début de l'année 2009, le gouvernement du Honduras a essayé d'acheter des médicaments génériques, en exploitant les accords conclus par l'ALBA, mais il s'est heurté aux transnationales avec l'ordre des entreprises pharmaceutiques  qui a argumenté sur des aspects bureaucratiques  afin de faire baisser les importations provenant de Cuba à des prix accessibles. Les intérêts du puissant lobby pharmaceutique nord américain et européen ne permet pas d'ouverture à la concurrence cubaine ou à d'autres industries nationales du marché des médicaments pharmaceutiques du Honduras.

Comme détonateur final des actions de déstabilisation, un fait supplémentaire a fait perdre la patience de l'industrie pharmaceutique transnationale : le 24 Juin, les présidents de l'ALBA "se sont engagés à promouvoir un modèle d'appropriation sociale des connaissances pour permettre de surmonter des obstacles dans la production de biens essentiels à la vie comme la nourriture et la santé, et a chargé  en ce sens le Conseil des ministres de l'ALBA de constituer sous 30 jours un groupe de travail chargé d'examiner la documentation sur la propriété industrielle coordonnée par le Venezuela. "

Cette décision a déclenché automatiquement l'ordre d'accélérer le mouvement déstabilisateur préalable aux élections démocratiques qui doivent avoir lieu dans le pays dirigé par le président Zelaya.